Der Kraichgau besitzt eine Reihe von kleinen Bächen und Seen.

Die bedeutendsten Fließgewässer sind der Kraichbach, der bei Sternenfels im Enzkreis entspringt, dann in Richtung Nordwesten fließt und bei Ketsch in den Rhein mündet, sowie die Elsenz, welche bei am gleichnamigen Ort entspringt und bei Neckargemünd in den Neckar mündet. Weitere wichtige Gewässer sind im westlichen Teil Pfinz, Saalbach und Leimbach, im Osten Lein, Schwarzbach und Enz.

Im Kraichgau finden sich Seen wie beispielsweise der Kreuzbergsee bei Tiefenbach und der Aalkistensee bei Maulbronn. Am Übergang zur Rheinebene laden Seen in Bad Schönborn, Kronau oder Forst  zum Baden ein.

Ein besonderes Highlight ist die Enzschleife bei Roßwag.